Ткаченко Тетяна Юріївна. Антигенна структура білків оболонки двох українських штамів М-вірусу картоплі: дисертація канд. біол. наук: 02.00.10 / НАН України; Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії. - К., 2003.
Анотація до роботи:
Ткаченко Т.Ю. Антигенна структура білків оболонки двох українських штамів М-вірусу картоплі. – Рукопис.
Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 02.00.10 – біоорганічна хімія. – Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ, 2003.
Дисертацію присвячено локалізації та характеристиці антигенних детермінант білків оболонки (БО) двох українських штамів М-вірусу картоплі (PVM U1 та PVM U7) за допомогою трьох моноклональних антитіл (МКА), а також виявленню особливостей первинної та вторинної структури БО ряду карлавірусів. Встановлено, що антигенні детермінанти, які специфічно розпізнаються МКА M6D5 та M9G1, перекриваються між собою та мають спільну ділянку зв’язування в позиціях 29-35 БО. Антигенні детермінанти, які розпізнаються МКА M4C1 та M9G1, або перекриваються між собою, або конформаційно наближені одна до одної. Встановлено внесок бокової групи лізину в позиції 35, а також залишків аспарагінової та глютамінової кислот (позиції 31 і 33, відповідно) у взаємодію МКА M6D5 та M9G1 з відповідними антигенними детермінантами. В результаті аналізу та порівняння первинних та вторинних структур БО карлавірусів були виявлені особливості, властиві лише карлавірусам, а також ряд спільних ознак в організації БО вірусів зі спіральним типом капсиду. Запропоновано загальну схему вторинної структури БО карлавірусів.
У дисертаційній роботі проаналізовано антигенну структуру білків оболонки двох українських штамів М-вірусу картоплі та встановлено, що PVM-специфічні епітопи локалізовані в N-кінцевій ділянці білка оболонки. Епітопи, які розпізнаються моноклональними антитілами M6D5 та M9G1, перекриваються між собою та мають спільну ділянку зв’язування в позиціях 29-35 білків оболонки. Епітопи, які розпізнаються моноклональними антитілами M4C1 та M9G1, або перекриваються між собою, або конформаційно наближені один до одного.
Виділено пептидні фрагменти, одержані в результаті ферментативного гідролізу білків оболонки двох штамів PVM трипсином та термолізином, які розпізнаються моноклональними антитілами M6D5 і M9G1 та встановлено їх первинну структуру. Знайдено, що заміна глютамінової кислоти на гліцин в позиції 22 білка оболонки одного зі штамів не впливає на розпізнавання антитілами як пептидів, так і білків оболонки цих штамів.
Встановлено, що залишок лізину в позиції 35 не є критичним для розпізнавання моноклональними антитілами M6D5 і M9G1 відповідних антигенних детермінант.
З використанням синтетичних пептидів – аналогів спільної ділянки зв’язування для двох моноклональних антитіл – було встановлено, що залишки аспарагінової та глютамінової кислот в позиціях 31 та 33, відповідно, в значній мірі впливають на взаємодію моноклональних антитіл M6D5 і M9G1 з відповідними епітопами. Найбільш критичним для цієї взаємодії є залишок аспарагінової кислоти, особливо у випадку розпізнавання епітопу моноклональними антитілами M9G1.
За результатами множинного вирівнювання первинних структур капсидних білків 23 карлавірусів встановлено три консервативні мотиви, які є специфічними для капсидних білків карлавірусів.
На основі результатів комп’ютерного передбачення та множинного порівняння вторинної структури запропоновано загальну схему вторинної структури, характерної для капсидних білків карлавірусів. Знайдено, що вторинна структура білків оболонки карлавірусів в межах групи залишається консервативною, незважаючи на варіації первинної структури окремих білків.
Публікації автора:
Viter S. S., Tkachenko T. Yu., Kolomietz L. P., Radavsky Yu. L. Analysis of antigenic structure of Potato Virus M Ukrainian strains // Биополимеры и клетка.- 2000.- Т.16, №.4.- С. 312-319.
Viter S. S., Tkachenko T. Yu., Kolomietz L. P., Radavsky Yu. L. Characterization of Potato Virus M epitopes by means of synthetic peptides // Биополимеры и клетка.- 2001.- Т.17, №.5.- С. 417-422.
Ткаченко Т.Ю., Витер С.С., Радавский Ю.Л. Сравнительный анализ первичной и вторичной структуры капсидных белков карлавирусов растений // Биополимеры и клетка.- 2003.- Т.19, №2.- С. 140-150.
Viter S. S., Tkachenko T. Yu., Kolomietz L. P., Radavsky Yu. L. Antigenic structure of the Potato Virus M coat protein // Fifth International Symposium on Positive Strand RNA Viruses (23-28 May, St.Petersburg, Florida, USA).- 1998.- P2-82.
Ткаченко Т.Ю., Коломиец Л.П., Радавский Ю.Л., Витер С.С. Анализ антигенной структуры белка оболочки PVM и первичной структуры белков оболочек карлавирусов // II Міжнародна конференція “Біоресурси та віруси” (7-10 вересня, Київ).- 1998.- С. 15.
