Анотація до роботи:

Коцофляк О.І. Дослідження бактерій роду Pseudomonas методами поліфазного таксономічного аналізу. – Рукопис.

Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 03.00.07 – мікробіологія. - Інститут мікробіології і вірусології ім. Д.К.Заболотного НАН України, Київ, 2004.

Дисертацію присвячено вивченню бактерій роду Pseudomonas методами фенотипового, генотипового та хемотаксономічного аналізу. В роботі наведені результати поліфазного таксономічного дослідження природніх ізолятів псевдомонад та деяких колекційних штамів з невизначеною видовою належністю.

Із ризосфери рослин, грунтів Півдня України та зразків, відібраних на антарктичній станції “Академік Вернадський”, ізольовано 105 штамів бактерій роду Pseudomonas. За допомогою комп'ютерної програми, адаптованої для видової ідентифікації псевдомонад за фенотиповими характеристиками, ці штами були віднесені до видів P. fluorescens, P. putida, P. aureofaciens, P. alcaliphila, P. fragi та P. veronii. Комп’ютерний аналіз штамів псевдомонад з невизначеною видовою належністю показав низький рівень їх ідентичності до вже відомих видів Pseudomonas. Дані сиквенсу гіперваріабельної ділянки гену 16S рРНК підтвердили належність двох антарктичних штамів до P. fragi та P. veronii, для 6 репрезентативних штамів псевдомонад з невизначеною видовою належністю було встановлено ряд філогенетично найближчих видів, що дозволило ідентифікувати одну групу штамів як Pseudomonas frederiksbergensis, і показало, що друга група - "Pseudomonas rathonis" являє собою новий вид.. Результати жирнокислотного аналізу в цілому співпали з даними молекулярно-генетичних досліджень. Як допоміжний критерій для видової ідентифікації псевдомонад запропоновано їх чутливість до 8-оксихіноліну.

1. Створена база даних, що містить характеристики 73 описаних на цей час видів роду Pseudomonas, і в комплексі з комп'ютерною програмою для ідентифікації псевдомонад за фенотиповими характеристиками розміщена в Інтернеті і може бути використана для ідентифікації бактерій роду Pseudomonas.

2. 46 штамів, виділених з грунтів півдня України, були ідентифіковані за допомогою розробленої програми як P. fluorescens, P. aureofaciens, різні біовари P. putida. Рівень фенотипової подібності ідентифікованих ізолятів з цими видами дорівнював 97-100%. 59 штамів бактерій роду Pseudomonas, ізольованих з проб, відібраних на антарктичній станції "Академік Вернадський", було ідентифіковано методами комп'ютерного аналізу як P. fluorescens, P. putida, P. fragi,P. alcaliphila, P. verоnii. Рівень фенотипової подібності досліджених ізолятів з переліченими видами дорівнював 99-100%. Належність двох ізолятів до P. fragi та P. veronii підтверджена результатами сиквенса гіперваріабельної ділянки гена 16S рРНК.

3. Антарктичні ізоляти, які були вирощені при низьких температурах (+4 С), характеризувалися високою антагоністичною активністю щодо грампозитивних, грамнегативних бактерій, дріжджів і мікроскопічних грибів. Їх культивування при +26 С приводило до різкого зниження або повного зникнення антагоністичного ефекту.

4. Жирнокислотні спектри досліджених ізолятів і типових штамів псевдомонад відрізнялись за своїм кількісним складом і в цілому відповідали їх місцю в структурі роду Pseudomonas, встановленому на основі молекулярно-генетичних досліджень.

5. За результатами сиквенсу фрагментів гена 16S рРНК групу штамів з неясним таксономічним статусом (Pseudomonas sp. C) ідентифіковано як Pseudomonas frederiksbergensis.

6. Показано, що чутливість псевдомонад до комплексона 8-оксихіноліна носить видоспецифічний характер, що може бути використано як допоміжна характеристика при ідентифікації бактерій роду Pseudomonas.

Публікації автора:

1. Коцофляк О.И., Рева О.Н., Киприанова Е.А., Смирнов В.В. Идентификация бактерий рода Pseudomonas методами компьютерного анализа // Мікробіол. журн. – 2003. – 65 (6). – С.3-12. (Здобувачем була самостійно створена база даних для комп’ютерної програми для ідентифікації бактерій роду Pseudomonas за фенотиповими характеристиками, проведено виділення 46 штамів псевдомонад з грунтів та ризосфери рослин Півдня України та їх ідентифікація за допомогою цієї програми, проведена ідентифікація 23 штамів псевдомонад з невизначеною видовою приналежністю, що зберігаються в УКМ.)

2. Коцофляк О.І., Рева О.М., Таширев О.Б. Таксономічний склад та антагоністичні властивості антарктичних флюоресціюючих бактерій роду Pseudomonas // Мікробіол. журн. – 2004. – 66 (2). – С.3-10 (Здобувачем було самостійно виконано виділення бактерій роду Pseudomonas з антарктичних зразків, їх видова ідентифікація за фенотиповими ознаками, дослідження впливу температури на інтенсивність росту та антагоністичні властивості антарктичних штамів псевдомонад)

3. Коцофляк О.И., Киприанова Е.А., Леванова Г.Ф. Таксономический анализ штаммов бактерий рода Pseudomonas с неопределенной видовой принадлежностью. // Мікробіол. журн. – 2004. – 66 (3). – С.5-13 (Здобувачем було самостійно виконано фенотиповий аналіз досліджених штамів псевдомонад, виділення ДНК, встановлення вмісту ГЦ в ДНК та ДНК-ДНК гібридизація).

4. Коцофляк О.І. Чутливість до 8-оксихіноліну як допоміжний критерій в систематиці і ідентифікації бактерій роду Pseudomonas. // Тези Другої Міжнародної науково-практичної конференції студентів, аспірантів і молодих вчених “Шевченківська весна. Сучасний стан науки: досягнення і перспективи розвитку”. – Київ, 13-14 травня 2004 р.

5. Коцофляк О.И. Сиквенс 16S рРНК и спектры жирних кислот в полифазном таксономическом анализе бактерій рода Pseudomonas. // Тези 8-ої Міжнародної Пущинської школи-конференції молодих вчених “Биология – наука XXI века”.- Пущино, 17-21 травня 2004 р.

6. Коцофляк О.И. Бактерии рода Pseudomonas из почв Антарктики. // Тези третьої школи-конференції молодих вчених і студентів “Сохранение биоразнообразия и рациональное использование биологических ресурсов”.- Москва, МДУ, 25-27 травня 2004 р.

7. Коцофляк О.І. Дослідження бактерій роду Pseudomonas методами поліфазного таксономічного аналізу. // Тези III (X) з’їзду Товариства мікробіологів України.- Одеса, ОНУ 15-17 вересня 2004 р.