Анотація до роботи:

Лащевський В.В. Нові підходи до ідентифікації молочнокислих бактерій. Рукопис. Дисертація на здобуття наукового ступеня кандидата біологічних наук за спеціальністю 03.00.07 – мікробіологія.- Інститут мікробіології і вірусології НАН України, Київ, 2005.

Дисертація присвячена таксономічним дослідженням молочнокислих бактерій, що зберігаються в Українській колекції мікроорганізмів. Показано, що гетерогенність властивостей лактобактерій створює значні труднощі при їх ідентифікації. Враховуючи дані, що були отримані за допомогою фенотипових методів, і, використовуючи розширену характеристику штамів, яку склали завдяки молекулярно-генетичним методам, була встановлена видова приналежність штамів, які мали неясне таксономічне положення. Виявлена гетерогенність ключової ознаки - ферментації вуглеводів у встановленні таксономічного положення представників роду Lactobacillus на видовому і внутрішньовидовому рівні. Представлено результати нумеричного аналізу властивостей молочнокислих бактерій із невизначеним таксономічним положенням. Знайдено ендонуклеази рестрикції, що виявляють гетерогенність гена 16S рРНК деяких видів молочнокислих бактерій. У визначенні видової приналежності молочнокислих бактерій використано новий підхід із застосуванням комплексу RAPD-праймера і праймера-термінатора, що розширив характеристики штамів на генетичному рівні. Аналізом нуклеотидних послідовностей молочнокислих бактерій, узятих з бази даних GENBANK, показано, що придатним для визначення на видовому рівні є ген 16S рРНК, на рівні груп споріднених видів - спейсерна ділянка 16S-23S рРНК. На основі ПЛР створена експрес-система для ідентифікації промислово важливих штамів лактобацил, що відносяться до виду L. plantarum. Розроблено комп'ютерну програму мовою програмування С++Builder для ідентифікації молочнокислих бактерій, що дозволяє автоматизувати обчислення, пов'язані з приготуванням розчинів, проведенням електрофорезу і ПЛР.

1. Проведено ідентифікацію штамів за фенотиповими ознаками. Показано нестабільність ключової ознаки – ферментації вуглеводів при визначенні штамів роду Lactobacillus на видовому і внутрішньовидовому рівні.

2. Уточнено таксономічне положення штамів молочнокислих бактерій з використанням молекулярно-генетичних методів: рестрикційного, філогенотипово опосередкованого аналізу та інших.

3. Знайдено ендонуклеази рестрикції, що дозволили встановити видову приналежність штамів завдяки виявленій гетерогенності 16S рРНК деяких видів молочнокислих бактерій.

4. Використано новий підхід із застосуванням RAPD-типування, що дозволило розширити характеристики штамів філогенетично споріднених видів і встановити їхню видову приналежність.

5. Встановлено, що серед ділянок генома молочнокислих бактерій придатними для диференціації штамів на видовому рівні є ген 16S рРНК, на рівні групи споріднених видів -велика і мала спейсерна ділянка 16S-23S рРНК.

6. На основі ПЛР-методу створено експрес-систему для ідентифікації промислово важливих штамів лактобацил, що відносяться до виду L. plantarum, яка включає RAPD-праймер Lp3-st і праймер-термінатор LP2.

7. Розроблено комп'ютерну програму GenProbe мовою програмування С++ Builder, яка дозволяє автоматизувати обчислення, пов'язані з приготуванням розчинів, проведенням електрофорезу і ПЛР.

Публікації автора:

1. Лащевский В.В., Коваленко Н.К. Поиск эндонуклеаз рестрикции, обнаруживающих гетерогенность 16S рРНК некоторых видов молочнокислых бактерий // Микробиол. журн. – 2002. – т. 64, №2. – С. 21-28.

2. Лащевский В.В., Коваленко Н.К. Конструирование праймеров к ДНК молочнокислых бактерий // Микробиол. журн. – 2003. – т. 65, №.3 – С. 46-53.

3. Коваленко Н.К., Лащевский В.В. Применение метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) для идентификации молочнокислых бактерий // Молочна промисловість. – 2003. – №1(4). – С. 24-25.

4. Лащевский В.В., Коваленко Н. К. Определение видовой принадлежности штаммов рода Lactobacillus с использованием RAPD-типирования // Микробиол. журн. – 2004. – т. 66, №4. – С. 3-13.

5. Лащевский В.В. Использование полимеразной цепной реакции (ПЦР) в идентификации молочнокислых бактерий//Бюлетень Інституту Сільско-господарської мікробіології – 2000., №7.- С. 19.

6. Лащевский В.В., Коваленко Н.К. Некоторые аспекты конструирования праймеров к ДНК молочнокислых бактерий // 6-я Пущинская школа –конференция молодых ученых “Наука XXI века”, 20-24 мая 2001 года, Пущино. – Сб. тезисов, т. 1. – С. 91.

7. Лащевский В.В., Коваленко Н.К. Подходы к конструированию праймеров для молочнокислых бактерий // Микробиология и биотехнология XXI столетия, 22-24 мая 2002 года, Минск. – Материалы международной конференции, С. 139.

8. Лащевский В.В., Коваленко Н.К. Рекласифікация штамів роду Lactobacillus з використанням RAPD-типування // X з'їзд Товариства мікробіологів України, 15-17 вересня 2004 р., Одеса. – Тези доповідей, С. 222.